Bei besonders tiefen Taschen kann ergänzend eine chirurgische Therapie (sog. Lappenoperation) sinnvoll sein. Das Prinzip liegt darin unter direkter Sicht die Wurzeloberfläche zu reinigen. Darüber hinaus bieten weitere chirurgische Methoden die Möglichkeit verlorengegangenen Knochen zu regenerieren: Dazu gehören die Verpflanzung von eigenem Knochen oder Knochenersatzmaterialen, die gesteuerte Geweberegeneration, sowie die Anwendung von Schmelzmatrixproteinen.
Auch zurückgegangenes Zahnfleisch und daraus resultierende freiliegende, häufig schmerzempfindliche Zahnhälse (sog. Rezessionen) können durch mikrochirurgische Operationstechniken korrigiert werden.